按照《医院洁净手术部建筑技术规范GB50333-2002》的要求手术室的温湿度必须控制在一定的范围内，因此设计中设定手术室温度在t=22-25℃；相对湿度35-60%，根据不同大小的房间配置相应的空调机和加湿器。
按照三区二通道的原则布局，手术部的压力由大到小排列为特殊洁净手术室、一般洁净手术室、洁净走廊、垂直通道及污物廊。洁净走廊的净化级别比一般洁净手术室低或相等，故两者间存在压差。污物廊是整个手术部中级别最低的所以手术室对污物廊的压差大于5Pa.这样就能保证不同区域间的气流的合理流向和防止外界污染的侵入。
对于手术室来讲，为了维持本身房间的洁净度，免受邻室的污染，须保持相对于邻室较高的空气压力，即相对于邻室维持一个正的静压差。而静压差的存在起到了在门、窗关闭的情况下，防止室外空气由缝隙进入洁净室。另外当门开启时，应有足够的气流向外流动，把人瞬时带进的污染空气降低到最低程度。根据《空气洁净技术措施》中的规定，要防止缝隙渗透，一般两相邻房间应保持5Pa的压差，而对室外应保持15Pa的压差。对100级手术室，按《洁净室施工验收规范》规定，其正压必须满足开门时，距门0.6米处洁净度不低的要求，即保证在开门瞬时开启时人所带进的气体不深入门口0.6米以外的地方。（见图）空气调节设计手册中规定，一般洁净室的工作区在离地0.8-1.5米处。垂直层流手术室流速为0.25-0.3m/s,《医院洁净手术部建筑技术规范GB50333-2002》而门高为2.0米左右，则Vo/V=(2.0-0.8)/0.6 ，V=0.15m/s ，即当外界V不大于0.15m/s时是不会影响室内层流的，根据《空气洁净技术原理》中提出人在进门时带进气流速度为0.2m/s,所以从洁净室压出气流速度为:V1=0.2-V=0.2-0.15=0.05m/s。假设手术室门宽1.5米，则门的面积为:A=2*1.5=3.0 平方米所以风量 Q=A*V=3.0*0.05=0.15立方米/秒 即540立方米/小时。因此当手术室内的正压风量大于540立方米/小时就能满足层流的要求。
在系统正常运行时，可在系统中设置排风系统排除多余气体，使手术室的正压值始终在一合理的数值上。
另外还应注意设置一间或几间能把手术室室内正压变成负压的洁净手术室，以防止传染病患者把病菌通过空调系统传染给他人。