工业洁净室与生物洁净室有明显的区别，手术室属于生物洁净室，若是按照建设工业洁净室的方法去建设，是无法达到标准的。因此，应选择能够建设生活洁净室、手术室净化经验丰富的手术室净化工程公司
。
工业洁净室，主要用作光学、微电子、生物医药等行业的生产活动场所。而净化手术室是最具代表性的生物洁净室。二者的控制对象是不同的，工业洁净室主要目的是控制灰尘、粒子，防止灰尘、粒子对产品质量的不良影响;而净化手术室主要控制的是微生物、细菌，防止微生物、细菌对手术的感染。
控制灰尘粒子，主要是采取过滤方法，安装粗效、中效、高效过滤器，过滤室外空气，把洁净新风排入室内，洁净风带走室内灰尘、粒子，从回风口排出，达到净化效果。而要控制微生物、细菌等则不容易。因为微生物、细菌等属于活性粒子，在适宜的环境中，会不断生长繁殖，诱发二次污染，如代谢物、粪便。
手术室净化工程公司在实施净化工程时，主要采取的方式是:铲除微生物生长的条件，控制微生物的聂胜、繁殖和切断微生物的传播途径。最终的目的是，控制微生物的产生、繁殖和传播，同时控制其代谢物，把有害的微生物控制在一定的浓度之下，因为有害的微生物达到一定的浓度以后才能够形成危害。
除了安设净化设备之外，手术室净化工程公司还要选择合适的装饰材料。建设工业洁净室对装饰材料的基本要求是:所有材料(墙、顶、地等)不产尘、不积尘、耐磨擦;而建设净化手术室对装饰材料的基本要求是:所有材料应耐水、耐腐且不能提供微生物孳生繁殖条件。
因为工业洁净室与生物洁净室的不同，手术室净化工程的施工重点、选用设备都有不同，医疗机构应选择有手术室净化工程经验、技术水平高的净化工程公司。