上海自贸区试验的重点内容之一是推进综合监管制度，其核心内容是创新政府管理方式，减少行政审批事项，推进政府管理由注重事前审批转为注重事中、事后审批。该制度既是自贸试验区各项先行先试事项能否试验成功的前提条件和重要保证，也是上海自贸试验区可以复制、推广至全国的重要内容。目前上海自贸区的综合监管工作应当在以下六个方面重点推进。
加快信息共享的监管平台建设，各监管机构联合强化源头监管
事中、事后的监管模式对上海自贸实验区内企业的贸易活动提出更高的源头监管要求。首先，需要在上海自贸区内整合涵盖注册备案管理、行政许可管理、日常监管、应急管理、稽查执法、信用评定等信息系统，建立打通海关、质检、工商、税务、外汇等各部门的信息共享平台；其次，要建立企业基础数据库，动态记载各监管部门对自贸区注册企业经营情况的信息，通过运用信息平台的公式制度，从源头上有效规避企业违规经营风险，有利于监管科学化、精细化和信息化目标的实现。第三，各部门制订信息共享工作规范，明确信息采集、加工、传递、应用、反馈等环节的工作职责，健全信息共享长效机制，定期召开个部门联席会议，研究、探讨监管信息平台的改进措施。
建立自贸区综合监管政策研究领导小组，满足自贸区“短平快”的政策研究需求以及“长准全”的监管效益评估
目前自贸区内“短平快”的政策性研究需求明显，建立自贸区监管政策领导小组，针对各区域的监管问题、困难进行积极、有效的沟通，以便及时研究解决。一方面，执法监管部门要跨前一步，与行业管理部门联手协同创新，加强体制机制上的管理。另一方面，可通过课题的招投标、或委托指定的形式，与大专院校、科研机构在监管技术及设备研发、监管政策制度创新、监管评估等方面进行合作研究，并将成果及时转化。成功的经验是在洋山港保税港区试点的中美“大港计划”，与清华同方合作研制的出口港核辐射检测系统，成功查获多起案例。该监管系统的成功经验可复制应用于进口港以及未来其他自贸区港区，为中国进口贸易链安全提供保障。
引入“安全港”概念，试行“企业自律”的诚信监管体制
“安全港”的概念，是以受监管企业高度自律为核心，以监管单位与受监管企业二者间的相互信赖为根本，减少受监管企业的守法负担，建立以诚信为基础的分类风险管理机制。建立“安全港”规范机制，有利于强化自贸区内“企业自律”，具体而言，应在以下三个方面取得突破:允许符合一定规模、风险管控等条件的企业，与监管机构共同订立、签署自律条款，明确经营者的自律责任；针对从事高风险业务的企业引入担保管理制度，通过风险监控、第三方担保、保证金要求等方式实行有效监管；建立规范的公示曝光制度，以企业信誉档案为依据，定期对自贸区内的企业进行公示曝光，倡导守法经营，鞭挞违法违规行为。
采取出入区人员分类监管模式，推动海关特殊监管区与城市的融合衔接
在“一线放开、二线管住”的特殊海关监管制度下，“区内自由”是未来发展的主要方向，一是消费自由，自由港城内可以建立商业性生活消费设施和开展商业零售等业务，业务收入免征增值税、消费税等；二是自由港城内可供特殊人员居住，如船员等，并且区域内生活供应品免税。因此，人员的自由流动成为关键因素。采用出入区人员分类的监管模式，可以有效推动海关特殊监管区与城市的融合衔接:一是要根据出入自贸区的特殊人员类别，采取特殊通行证(如海关、工商等机构的工作人员)和特殊居住证(如船员)；二是对在区内参观、购买物品的临时人员，采用一般通行证，并针对带出自贸区的消费行为，要按照自用合理数量原则，实行严格的审查，超过规定金额或数量要依法纳税。
学习国外先进经验和成熟做法，加快推进自贸区建设的新认识、新思考
监管部门的政策制定者要在国内调研基础上充分开展国外调研，形成自贸区建设的新认识、新思考，并加快付诸实践的推进步伐。在监管手段方面，台湾自由港区的“分级监管”的新举措可供借鉴，即可根据区内企业能力、自律程度分级，赋予具有良好信誉和优质资格的企业较大的业务经营弹性。在综合监管制度方面，德国自由贸易港区的“大通关”综合体系更值得认真学习，“大通关”不仅涉 及 口 岸 监 管 验 查 单 位 、 港 口 、 机场、税务、外汇管理，而且将金融、中介机构、运输、仓储以及生产企业和进出口企业等多个部门纳入其中进行综合管理，有效地带动了地区相关产业的发展，又实现了自由港与城市功能的互相促进。
紧抓自贸区建设时效性，促进制度创新和法律保障有机结合
上海自贸试验区的制度创新应以全面、规范的自贸区法律体系为基础，包括人才、投资、技术、生产因素移动等限制及法规的突破，以及在最短的时间内构建“自贸区法律保障体系”，否则将丧失时效性。自贸区法律保障的第一阶段是透过行政法规松绑解除限制。第二阶段是推进自贸区法制化建设，以促进政府放权的可持续性。通过地方立法的形式拟定《自贸区特殊条例》，建立与自贸实验区相适应的管理制度。第三阶段应结合各机构在区内实施的创新制度以及监管经验，出台与各监管机构相适应的，如《上海自贸区海关监管条例》等，细化各领域的监管规范。
整体而言，综合监管制度的推进是一项系统工程，既需要建设大量的配套基础设施和信息平台，也需要完善的法律框架、政策支持，更需要先进的服务意识和监管手段，在各个方面，需要不断的探索、创新