工业冷水机制冷氟里昂的特性决定了氟系统管路较氨系统简单的多。氟里昂机组的配置已经相当之完备，只需要对其进行简单的接管即能投入运行。且氟机组体积小，占地少，不需单独设机房，大大节省了空间，机组噪音低，所有阀门件均为全封闭阀件，无工质泄漏等的问题。它实现完全自动控制，无需专人看管。保护装置完备，机组配有电压的保护装置、温度保护、电流保护、压力保护等完备的保护措施，并且可以实现计算机对其自动控制，能量调节范围广。
由于低温冷冻机
氨制冷压缩机本身的特点，蒸发温度低于-28℃时要采用双级压缩，且氨机需提供泵供液系统及复杂的回油机构，致使系统庞大、辅机多、管路复杂，阀门多，施工安装程序复杂，施工周期长。同时会带来故障隐患的增加（江浙和两广等地，氨系统曾发生多起蒸发管道和加氨管道、阀门破裂、脱开等引起跑氨事故，氨阀阀芯脱落，陷入阀体内卡死的事故更是频繁发生）。由于氨具有较大的毒性,机房向外开启的门不允许同向生产性厂房, 氨制冷系统的设备间不宜布置在其它厂房的共同建筑之内。而且氨机运行时噪音大，振动较大，产生的动载荷大，对设备的运行影响不可忽略。因此必须单独设置机房。且氨系统中阀门均为开启式阀门，制冷剂的微量泄漏是无法避免的。氨系统无法完全实现自动控制。其开、停机及供液调节等工作必须由人工操作完成，需设专业人员对氨机进行24小时管理，且存在保护装置不完备。